Nüfus artışı, yerleşim alanlarının çoğalması ve gelişmesi, hava kirliliği ve doğal alanların korunmasındaki yetersizlik, çevre açısından adalar üzerinde büyük oranda etkili olmuştur. Sadece bir tane çöp arıtım tesisi vardır ve kanalizasyon arıtılmadan direk denize boşaltılır. Aynı zamanda temiz su sıkıntısı da yaşanmaktadır. Tek doğal su kaynağı topraktan gelmektedir ve bu da büyük oranda tarlalardan gelen nitrat atıklarıyla kirlenmektedir. Bu sorun, bir çok büyük arıtma tesisinin kurulmasıyla bir parça çözülmüştür. 

Hava kirliği, arabaların, kamyonların ve otobüslerin (bir çoğu eski olan), Büyük Liman çevresindeki kapalı yollarda birikmesinden, kömürle çalışan elektrik santralleri ve fabrikaların yol açtığı kirlenmeden kaynaklanır. Böyle küçük bir alanda atıkların kontrol altında tutulması git gide soruna yol açmaktadır. Malta hükümeti, 1991 yılında, kalkınma bölgelerini ve önemli ekolojik alanları belirleyen bir Çevre Koruma Kanunu çıkarttı ancak bir çok önemli sorun hala çözüm beklemektedir. 

Bitki Örtüsü ve Hayvanlar

Malta doğal bitki örtüsü yönünden zengin değildir. Adanın büyük bir bölümünü ekili alanlar oluşturur. Diğer bölgeler ise genellikle çorak ve kayalıktır. Tek geniş ormanlık alan, Halep çamlarının hakim olduğu Buskett Bahçeleri'dir. Dağ tepelerinin ve kıyı kayalıklarını oluşturan sert kireçtaşı, kekik, biberiye ve böğürtlen çalılarının yetişmesine ve tipik Akdeniz bitki örtüsü olan zeytin ağaçlarının ve ılgın ağaçlarının büyümesine elverişlidir. Deniz rezenesi, deniz karanfili, sütleğen ve dikenli çöven, deniz kenarındaki kayalıklarda görülebilir ve nadır yetişen parazitimsi bir bitki olan Cynomorium coccineus, Gozo'da Dwerja bölgesinde mevcuttur. 

Seyrek bitki örtüsü toprağa bağlı vahşi hayat için yetersizdir. Ancak bir avuç sıçan, fare, kirpi, gelincik ve kır faresi bulunur. Tavşanlar, neredeyse soyları tükeninceye kadar avlanmıştır. Geko ve kertenkeleler oldukça yaygındır (koyu yeşil ve kırmızı renkte olan Lacerta filfolensis sadece Filfla adasında görülür). Üç tür yılan vardır ve hiçbiri zehirli değildir. 

İçinde, serçelerin, kaya güvercinlerinin, keten kuşlarının, tarla kiraz kuşlarının, gümüş martıların ve gök ardıç kuşlarının da (Malta'nın milli kuşudur, 25 sentlik madeni paranın üzerindeki resim bu kuşa aittir.), bulunduğu on iki tür yerel kuş vardır. Ama 150 den fazla kuş türünün kışın ülkeyi ziyaret eden göçmen kuşlar olduğu bilinmektedir. 

Malta ve Gozo çevresindeki temiz ve berrak denizler, çok sayıda çeşitli deniz hayvanının yetişmesini sağlar ve Avrupa'nın dört bir yanından gelen dalgıçlara ev sahipliği yapar.

Jeoloji

Jeolojik olarak Malta Adaları'nı, Akdeniz'in dibinden su yüzeyini geçene kadar kıvrılarak yukarıya çıkan denizdibi yığınları oluşturur. Bu kıvrılma hareketi, tektonik Afrika kıtasının güneye ve Avrupa kıtasının kuzeye kaymasıyla, aralarında meydana gelen sıkışmanın sonucudur. Bu sıkışma devam etmektedir ve aynı zamanda Etna ve Vesuvius yanardağlarıyla, İtalya'nın güneyinde ve Malta'da sıklıkla görülen depremlere de sebep olmaktadır.

Malta'yı oluşturan kayalar, yedi ile otuz milyon yaşları arasındadır ve tabakalar halinde üst üste yığılmışlardır. Aşağıdan yukarıya dört ana tabaka vardır: Aşağı Mercan Kireçtaşı, Globigerina Kireçtaşı, Mavi Kil ve Yukarı Mercan Kireçtaşı. Kireçtaşları, özellikle, yuvarlak kabuklu fosil birikiminin çok fazla olduğu, Aşağı Mercan Kireçtaşı ve Globigerina Kireçtaşı'nın kesiştikleri yerde, fosiller bakımından zengindir.

Aşağı ve Yukarı Kireçtaşları dayanıklıdırlar. Güneybatı Malta ve Ta' Cenc yüksek kıyı kayalarıyla, Gozo'nun dağlarının yassı doruklarını saran kayalıklarıyla hava koşullarına karşı da dirençlidirler. Altın rengi Globigerina Kireçtaşı daha yumuşaktır. Orta ve doğu Malta'nın büyük bir bölümünün temelini oluşturur. Yapışkan Mavi Kireçtaşı besin değeri bakımından zengindir ve Gozo'nun daha verimli olan topraklarını oluşturur. Bunu batı ir-Rama'daki dağlarda görebilirsiniz.

Yerel madenciler kolayca işlenebilen Globigerina Kireçtaşını franka diye adlandırırlar; daha sert olan mercan kireçtaşına ise zonqor denir. Her ikisi de adaların güçlendirilmesinde yaygın olarak kullanılmıştır.